Почему-то при открытии нового НС под 17% сумма пополнения выставлена в 5000р и не редактируется.
у меня в МП прекрасно редактируется, выставил какую угодно и открыл (что и проделано сегодня утром).
Думаю, что Вы просто перепутали (пытались информационную строчку вверху редактировать).
Ну и в любом случае, можно открывать на любую сумму, хоть на ноль рублей, а потом пополнять до нужной суммы. На пополнение есть день - пополнить нужно до окончания дня.
и да, снимать лишнее в день пополнения тоже можно. Какая сумма будет к полуночи, та и будет взята как начальное минимальное значение для начисления процентов за месяц.
p.s. если открыть на сумму меньше 5 тысяч, то ставка в первый день будет отображаться неверно, на следующий день отобразится всё нормально. Ну и на расчёт процентов это никак не повлияет.