В выписке для госслужащих и стоит, что доход получен. Откуда ФНС бы получила данные о доходе по вкладу, все получено из банка. Так ФНС и поверит вам на слово - вот за этот вклад я получил доход, а за этот не получил, уменьшите мне налог.В банках, где была досрочка, запросите выписку для госслужащих в электронной форме (в некоторых банках ее можно сформировать в ИБ/МП, в некоторых путем похода в офис). Приложите эти выписки к Вашему объяснительному письму в ЛК ФНС+можете указать, что в в Вашем ЛК ФНС процентный доход по вкладам отражается с учетом корректировок, отправленных банками по досрочно закрытым вкладам, в то время как в уведомлении - без оных, т.е. данные в уведомлении устарели.
С банком надо разбираться.