Наверное, гасили долг переводом с дебетовой МТС Деньги? Тогда всё логично, это межбанк и, скорее всего, даже не по СБП (судя по негативному опыту некоторых клиентов). Поэтому и проводка может занимать 2-3 дня.
Лично я погашал долг всегда, или с дебетовки МТС Cashback, или напрямую по СБП на...