Вы немного иначе представляете себе эту схему. Банк-эмитент не знает счета всех магазинов и не переводит им деньги напрямую. Он рассчитывается с НСПК общей суммой по операциям за период. Причём считается итоговый баланс между входящими и исходящими платежами. Поэтому иногда деньги вообще идут в обратную сторону - от НСПК банку.