Брокер является налоговым агентом, соответственно, он учитывает полученную прибыль (купоны, разницу между ценами покупки и продажи и т.д.), высчитывает с неё НДФЛ, а при выводе средств удерживает либо 100% задолженности, если выводимая сумма превышает долг, либо 13%, если выводимая сумма меньше долга. При этом "позиции в минусе" никак на размер налогооблагаемой прибыли не влияют, т.к. убытки по ним не зафиксированы, они зафиксируются и уменьшат сумму долга лишь при продаже активов.
Также вот ещё что: убыток по срочному рынку до конца года не сальдируется с фондовым. То есть если на одном минус, на другом плюс, сдерут налог с плюса. Потом должны вернуть, если будет переплата (там есть нюансы в зависимости от инструментов срочного). Также полностью облагаются налогом дивиденды.
