В общем, я разобрался. При выплате купона (первый раз) НКД уплаченный при покупке, добавляется в "Расходы". Чтобы не учитывать его при продаже второй раз изменяется цена приобретения.
Причём из налогового отчёта это никак не понять, там просто нет информации об учтённом в расходах НКД.