Автоматически.
Чтобы убедиться, заказываете сводный налоговый отчет (изготавливается несколько минут).
В самом конце отчета будет табличка (см. скриншот).
P.S. Сам был удивлен, не ожидал. Цена покупки и продажи практически не отличалась. Вычет оказался только за счет разницы по НКД покупки и...