Сегодня, наконец, получил грамотный ответ от поддержки: "Вынуждены признать, что сумма ндфл не была присоединена к сумме договора после пролонгации, в связи с технической ошибкой. Сейчас присоединить сумму к договору невозможно, в связи с ограничениями системы. Вы можете вернуть средства, оформив заявление на возврат через личный кабинет: Заявление -> Подать заявление -> Вернуть переплату или ошибочное перечисление средств Приносим вам искренние извинения за данную ошибку." Похоже, эта сумма ошибочно удержанного НДФЛ будет висеть как аванс в счёт уплаты взноса за третий месяц либо её можно вернуть через отдельное заявление. Есть такое ощущение, что исправлять эту ошибку в системе они в дальнейшем не будут, хотя могу ошибаться.