нет никаких подводных камней, все деньги, внесённые через банкомат, это те же самые наличные ДС, с точки зрения банка и его тарифов.
Многие не любят вносить крупные суммы из небезопасности самого процесса внесения ДС: это происходит в общественном месте, среди толпы людей, но, главное, банкомат...