Именно в этом дело. Даже не сомневайтесь.
Когда ещё работал ApplePay, в некоторых ТСП иногда выдавался другой MCC, если бы платили той же картой с вводом ее реквизитов. И тогда флагомерить надо было не просто картой, а именно картой, привязанной в ApplePay, и естественно, той же платёжной системы