Закрывать через офис.
За полку комиссия не больше остатка средств, так что в минус не спишут точно. Обнуляйте и кладите на полку. Честно говоря, я вообще не понимаю, почему эту комиссию так часто обсуждают, такая есть у многих банков, чтобы избавляться от висящих счетов, про которые клиенты...